Boa tarde Patricia,
Me corrija se eu estiver errado, porém pelo que eu entendi você tem o frete destacado em campo próprio da Nota Fiscal, correto?
Não sei se você já resolveu, porém confira se a seguinte opção funciona no seu caso:
1) Marque a condição de frete (ZFRB) como estatistica na Pricing
2) Vá na J1BTAX > NOTA FISCAL > INVOICE VERIFICATION > NF-RELEVANT PO CONDITIONS
Coloque a Pricing RM0000, crie a entrada pra sua condição:
Condition type: ZFRB
NF Value: No special transfer
Sub.trib base mod.: + Add to Sub.Trib base
Qualquer coisa vamos nos falando.
Até mais