Olá Emiliano,
Sim, tive uma resposta da SAP, e foi criado uma nota SAP específica para o problema, ou seja, específica para EHP 6.0.
Acredito que seu caso não seja o mesmo do meu, pois no meu casos as bases de PIS / COFINS / ICMS ST estavam sendo invertidas entre elas.
Entendo no seu caso, o problema é uma redeterminação de impostos quando criado a nota fiscal.
Isto acontece, quando no controle de cópia entre documentos, não se configura para manter os valores do documento antecedente. Por exemplo... no momento da criação da OV ou PEDIDO o ICMS era 13%. Porém, quando for criar o documento subsequente, se houve alguma mudança na J1BTAX em relação a este ICMS, por exemplo, alterado para 18%, e o controle de cópia não estiver configurado para manter valores do documento antecedente, irá redeterminar novamente o imposto, se utilizando o que está atualmente na J1BTAX.
Espero ter ajudado, abraços,
Marcelo Julidori.