Allan,
Tive o mesmo problema, no meu caso no pedido de compras calculava corretamente e na MIRO o sistema calculava o valor errado.
Complementando a resposta da Adriana (que deve ser realizada), sugiro verificar a visão V_T165A. No meu caso o tipo de pedido de compras não estava atribuído ao esquema de calculo de MM-SRV utilizado (MS0000 no caso).
1903645 - ISS withholding is not working in MIRO - Service Management or Material DIEN
Verifique as nota abaixo também.
1623957 - Problems with ISS withholding taxes at MIRO - Service Management Brazil or Material DIEN
947670 - Service Management - Localization for Brazil (overview)
Veja essa post também:
System is not calculating ISS offset condition on ISS Withholding Service Scenario
Abraços,
Fabio